С начала 2016 года в рамках государственного проекта "Восточная Сибирь — Тихий океан" (ВСТО) ООО "Транснефть-Логистика", используя собственный железнодорожный подвижной состав в количестве 999 вагонов, осуществило перевозку 238 тысяч тонн сырой нефти по маршруту станция Сковородино — станция Грузовая. Всего за период с  2012 года обществом в рамках проекта ВСТО было перевезено 19,5 миллионов тонн нефти. 

Комплексный оператор 3-4 PL логистики ООО "Транснефть-Логистика" с 2012 года предоставляет услуги по грузоотправлению нефти и нефтепродуктов на пунктах налива  ОАО "АК "Транснефть", а также оказывает полный спектр услуг транспортной и складской логистики для организаций системы "Транснефть".

В настоящее время ООО "Транснефть-Логистика"  осуществляет подготовку к переходу на новый уровень оказания логистических услуг — Fourth Party Logistics (4PL)  или "логистика четвертой стороны". Реализация проекта основана на активной разработке и внедрении собственной единой IT-системы управления транспортными и складскими операциями, а также глубокой интеграции общества в бизнес-процессы организаций системы ОАО "АК "Транснефть". Модернизация снабжения ОАО "АК "Транснефть" до уровня 4PL позволит улучшить планирование и бюджетирование производственных потребностей компании, обеспечить еще более эффективное управление цепями поставок и существенное снижение затрат.