Назначать проведение повторной налоговой проверки крупнейших налогоплательщиков будет руководитель ФНС по согласованию с министром финансов. Как сообщил журналистам замминистра финансов РФ Сергей Шатаплов, соответствующее положение отражено в законопроекте поправок в первую часть налогового кодекса. Данный законопроект Минфин внес в Правительство 18 мая, выполнив, таким образом, поручение Кабинета министра и одно из положений послания Президента по улучшению налогового администрирования.

По словам С.Шаталова, идея данной поправки "сделать проведение повторной налоговой проверки исключительным инструментом, а процедуру назначения проверки предельно усложнить и сделать объективной". Он отметил, что степень сложности назначения повторной проверки в предыдущем варианте поправок зависела от того, где налогоплательщик состоит на учете. Назначение повторной проверки для налогоплательщика, состоящего на учете в районной инспекции, проходит трехзвенную систему подчинения через областную налоговую инспекцию и ФНС. Таким образом, руководитель областной инспекции для назначения повторной проверки таким налогоплательщикам должен обратиться в ФНС, мотивировав ее целесообразность.

Данная система назначения повторной проверки для налогоплательщиков, состоящих на учете в районной инспекции, сохраняется как и в предыдущем варианте поправок. Изменения же касаются назначения повторных проверок для крупнейших налогоплательщиков, которые состоят на учете в инспекции по крупнейшим налогоплательщикам или межрегиональной инспекции. В предыдущем варианте поправок предлагалось, чтобы повторную проверку таких налогоплательщиков утверждал глава ФНС. Однако бизнес высказал мнение, что в эту систему необходимо ввести третье звено. В результате согласований и было решено, что назначать повторную проверку будет руководитель ФНС по согласованию с министром финансов.