28 января 2013 года приказом главы Федеральной антимонопольной службы (ФАС России) Дмитрий Махонин назначен начальником управления контроля топливно-энергетического комплекса ФАС России. Ранее Дмитрий Махонин выполнял обязанности руководителя Управления Федеральной антимонопольной службы по Пермскому краю (Пермского УФАС). Начал свою трудовую деятельность в 2004 году с должности специалиста 1 категории.

С апреля 2008 года Махонин работал заместителем руководителя Пермского УФАС, а с 8 июня 2009 года был назначен руководителем Управления ФАС России по Пермскому краю.

"Дмитрий Махонин — талантливый и целеустремленный руководитель, обладающий достаточными знаниями и опытом. Уверен, что все это поможет ему в реализации наших общих задач в области конкуренции и правоприменения", - отметил руководитель ФАС России Игорь Артемьев.