ФНС России обращает внимание налоговых органов, судов и налогоплательщиков (налоговых агентов), что письма Минфина России, в которых выражается позиция Минфина России по конкретным или общим вопросам, содержащимся в индивидуальных и (или) коллективных обращениях граждан и организаций, не могут рассматриваться в качестве устанавливающих обязательные для налоговых органов правила поведения, подлежащие неоднократному применению при осуществлении ими функций налогового контроля. Соблюдения этих правил налоговые органы не вправе требовать и от налогоплательщиков (налоговых агентов). Арбитражные суды, рассматривающие возникающие в сфере налогов и сборов споры, также не связаны положениями указанных писем, поскольку подобные письма не входят в круг нормативных правовых актов, применяемых при рассмотрении дел.
Предусмотренная Налоговым кодексом РФ обязанность налоговых органов руководствоваться письменными разъяснениями Минфина России по вопросам применения законодательства РФ о налогах и сборах обязывает налоговые органы руководствоваться лишь разъяснениями, адресованными ФНС России. Такие разъяснения рассматриваются как направляемые в рамках координации и контроля деятельности ФНС России и предназначены для разъяснения подведомственной федеральной службе позиции Министерства как федерального органа исполнительной власти, уполномоченного в области выработки налоговой политики.
В случае принятия судами решений, в основу которых легли разъяснения Минфина России, направленные налогоплательщикам и содержащие позицию не в пользу налоговых органов, налоговым органам надлежит обжаловать такие решения в установленном законодательством РФ порядке. В то же время в целях сокращения количества судебных споров, проигранных налогоплательщикам, и исключения принятия судебных решений не в пользу налоговых органов налоговым органам при вынесении решений по результатам налоговых проверок и участии в судебных разбирательствах с налогоплательщиками следует руководствоваться сложившейся судебной практикой и вступившими в законную силу судебными решениями.