Услуги по перевалке и хранению в российских портах товаров, перемещаемых через границу РФ, оказываемые филиалом иностранной организации, состоящим на учете в российском налоговом органе, облагаются НДС по ставке 18%.
Согласно пп. 2.5 п. 1 ст. 164 НК РФ нулевая ставка НДС применяется в отношении работ (услуг), выполняемых (оказываемых) российскими организациями (за исключением организаций трубопроводного транспорта), в морских, речных портах по перевалке товаров, перемещаемых через границу РФ, в товаросопроводительных документах которых указан пункт отправления и (или) пункт назначения, находящийся за пределами территории РФ. Данная норма НК РФ на иностранные организации, в том числе состоящие на учете в налоговых органах РФ, не распространяется.