Новый порядок уплаты акцизов ведет к усилению регионализации вертикально интегрированных нефтяных компаний (далее — ВИНК), так как дает им возможность перераспределять налоговую нагрузку между своими обособленными подразделениями (ст. 204 НК РФ) по своему усмотрению. Это позволяет крупным компаниям иметь экономические рычаги воздействия как на покупателей (получателей) нефтепродуктов, так и на местные власти, угрожать стабильности местных бюджетов, хотя именно стабильность местных бюджетов являлась одной из целей внедрения новой системы акцизов (см. схему, где указаны посредники, каждый из которых может платить акцизы вне рассматриваемого региона).

Например, ВИНК "ЮКОС" при распределении акциза в 2003 г. между производителями и получателями определила, что акциз в Орловской области будет платить ЗАО "Приокский терминал", на долю которого приходится большая часть оптового рынка нефтепродуктов региона. Но эта компания могла принять решение по уплате акцизов в других регионах, например в Москве, где зарегистрирован посредник — ТД "ЮКОС-М".

Кроме того, опрос показал, что некоторые независимые от ВИНК получатели нефтепродуктов (малые и средние предприятия) вынуждены прекратить закупки нефтепродуктов в других регионах и покупать их у региональной компании, имеющей Свидетельство и входящей в структуру ВИНК (в Орловской области это ЗАО "Приокский терминал" ВИНК "ЮКОС").

Все вышеизложенное позволяет сделать вывод о том, что получение Свидетельств для мелких розничных торговцев нефтепродуктами является дополнительным административным барьером.