В связи со сложной гидрологической обстановкой, с учетом продолжающегося роста притока в Зейское водохранилище, Амурским бассейновым водным управлением с 01 августа 2013 года установлен режим работы гидроузла суммарным средним расходом до 3500 м³/с, через водосливную часть плотины и гидроагрегаты.

По состоянию на 1 августа уровень верхнего бьефа повысился на 33 см и составил — 317,5 м, уровень нижнего бьефа — 223,11 м, приток за последние сутки - 11700 м³/с.

Гидростанция работает в базовом режиме. В работе пять гидроагрегатов, один - в капитальном ремонте. Готовность гидротехнических сооружений Зейской ГЭС к пропуску паводка подтверждена актом комиссии Ростехнадзора с участием МЧС. Своевременно в полном объёме выполнены плановые мероприятия по обеспечению надежной и безаварийной работы оборудования и сооружений гидроузла.

В период работы водосливной части плотины взаимодействие с органами власти, МЧС, Амурским бассейновым водным управлением, Амурским гидрометцентром, Управлением эксплуатации Зейского водохранилища будет осуществляться в непрерывном режиме.