В соответствии с указанием Амурского БВУ с 14 сентября Бурейская ГЭС работает суммарным средним расходом 1300╠250 м3/сек., с целью поддержания противопаводковой резервной емкости и подготовки к паводку 2014 года. В случае, если текущая загрузка ГЭС не позволяет обеспечить установленный режим исключительно турбинными расходами, на Бурейской ГЭС осуществляются холостые сбросы воды. В настоящее время станция холостых сбросов не ведет.

По состоянию на 16 сентября 2013 г. среднее значение притока к Бурейской ГЭС за последние сутки составило 1950 м³/с. Сработка Бурейского водохранилища осуществляется в соответствии с режимом, установленным Федеральным агентством водных ресурсов в лице Амурского бассейнового водного управления. Средний расход через гидроузел составляет 1332 м3/с, в том числе через гидроагрегаты — 1332 м3/с. Уровень верхнего бьефа — 255,10 м, уровень нижнего бьефа — 137,39 м. Станция работает в штатном режиме.

Устье р. Буреи расположено ниже по течению р. Амур в 270 км от г. Благовещенска. Таким образом, сбросные расходы р. Буреи не влияют на гидрологический режим р. Амур в районе г. Благовещенска и оказывают слабое влияние на уровень Амура от устья до г. Хабаровска. На этом отрезке Бурея дает менее 7% стока в Амур. При этом самое большое влияние на гидрологический режим Амура в районе Хабаровска, помимо Зеи (30%), оказывают китайские притоки этой реки Сунгари (25%) и Уссури (10%). То есть существенная часть стока формируется на территории КНР (35%).

Даже с учетом малого влияния Буреи на сток Амура гидроэнергетики Бурейской ГЭС намерены предпринимать все зависящие от них меры по сдерживанию аномального паводка. РусГидро, как социально ответственная компания, считает необходимым в этой ситуации руководствоваться в первую очередь интересами людей, живущих ниже по течению от плотины станции.