В связи с ростом уровня воды в Зейском водохранилище, в соответствии с указанием Амурского БВУ и Правилами использования водных ресурсов (ПИВР) на Зейской ГЭС возобновлены холостые сбросы. С сегодняшнего дня гидроэлектростанция работает суммарным средним расходом до 2500 м3/сек. Сбросы необходимы для безопасной эксплуатации гидроузла в осенне-зимний период (для снятия рисков холостой сработки водохранилища в минусовые температуры и связанного с этим обледенения плотины), а также для обеспечения резервной ёмкости водохранилища.

По состоянию на 23 сентября 2013:
уровень воды в верхнем бьефе Зейского водохранилища — 317,51 м;
уровень нижнего бьефа — 222,93 м;
среднее значение притока за последние сутки - 1530 м³/с.
суммарный расход через гидроузел — 2464 м³/с, (в том числе: через турбины — 684 м³/с, через водослив - 1780 м³/с).

По оперативным данным Росгидромета прогноз притока в Зейское водохранилище в период с 23 по 24 сентября будет колебаться в диапазоне 2800 — 3200 м3/с.

Эксплуатация сооружений и оборудования Зейской ГЭС осуществляется с неукоснительным соблюдением всех технических регламентов, правил и стандартов безопасности в четком соответствии с решениями регулирующих органов — Федерального агентства водных ресурсов, Ростехнадзора и Системного оператора. В постоянном режиме осуществляется информационный обмен и взаимодействие органов власти, МЧС, Амурского бассейнового водного управления, Амурского гидрометцентра, Управления эксплуатации Зейского водохранилища.

Локальная система оповещения (ЛСО) Зейской ГЭС состоящая из 11 автономных пунктов оповещения и 14 датчиков уровней повышения нижнего бьефа, находится в режиме постоянной готовности к передаче сигналов и информации оповещения. Сигналы готовы принять персонал станции, объектовые аварийно-спасательные формирования, дежурные службы организаций, население, проживающее в зоне действия ЛСО — протяженностью 6 км ниже плотины ГЭС.