Сегодня Новосибирская ГЭС полностью закрыла затворы водосливной плотины. Это стало возможным после снижения притока к створу гидроузла, который в настоящий момент составляет всего 2550 м³/с (максимум был зафиксирован 16 июня и составил 7600 м³/с). За время пика многоводного паводка (с 15 по 22 июня 2014 года), пришедшего с Алтая, в водохранилище Новосибирской ГЭС было аккумулировано 1,3 км³ воды, что составляет почти 30 % от общего притока в этот период.

Гидростанция продолжает работать "по притоку", т.е. объем воды пропускаемый через гидротехнические сооружения ГЭС примерно равен объему притока воды в Новосибирское водохранилище. На сегодняшний день, уровень воды в Новосибирском водохранилище у плотины Новосибирской ГЭС составляет 113,64 м. Уровень воды в нижнем бьефе у плотины гидроузла снижен до 94,99 м (по Балтийской системе высот).

По прогнозам специалистов ФГБУ "Западно-Сибирское УГМС" средний приток воды в Новосибирское водохранилище в конце июля ожидается 2500±270 м³/с, в августе — 1950±130 м³/с (97% от нормы, приток в августе 2013 года был 3170 м³/с).

Сейчас в работе находятся шесть гидроагрегатов, нагрузка станции — 395 МВт, выработка электроэнергии за сутки составляет 9,48 млн кВт/ч. Все изменения гидрологического режима работы Новосибирской ГЭС производятся по указаниям Верхне-Обского БВУ, с уведомлением диспетчера филиала ОАО "СО ЕЭС" Новосибирское РДУ.

Деятельность ГЭС находится под строгим контролем государства: режимы наполнения и сработки водохранилищ, пропуска паводков устанавливает и регулирует Министерство природных ресурсов в лице Федерального агентства водных ресурсов (Росводресурсы). Оно согласует свои предложения с МЧС РФ, Минсельхозом, Россельхознадзором, Росморречфлотом, Росстроем, ОАО "Системный оператор Единой энергетической системы" с учетом интересов всех водопользователей.