В соответствии с действующим налоговым законодательством организации, являющиеся крупнейшими налогоплательщиками, могут быть поставлены на учет как в межрегиональной (межрайонной) инспекции ФНС России по крупнейшим налогоплательщикам, так и в налоговом органе по месту нахождения организации.
При постановке на учет в инспекции по крупнейшим налогоплательщикам организации выдается Уведомление о постановке на учет в налоговом органе юридического лица в качестве крупнейшего налогоплательщика, где указывается идентификационный номер налогоплательщика (ИНН) и код причины постановки на учет (КПП), 5 и 6 знаки которого имеют значение 50. При постановке на учет в налоговом органе по месту нахождения крупнейшему налогоплательщику выдается Свидетельство о постановке на учет юридического лица в налоговом органе по месту нахождения на территории РФ, где также указывается ИНН и КПП, но 5 и 6 знаки КПП имеют значение 01. Таким образом, крупнейшему налогоплательщику могут быть присвоены два значения КПП.
В связи с этим организациям - крупнейшим налогоплательщикам следует учитывать, что при представлении налоговой декларации по НДС на ее титульном листе должен указываться код причины постановки на учет (КПП), который присвоен организации тем налоговым органом, куда представляется декларация. Поскольку налоговая декларация по НДС представляется крупнейшими налогоплательщиками в налоговый орган по месту постановки на учет в качестве крупнейшего налогоплательщика, то в декларации указывается КПП, содержащийся в Уведомлении.
В целях обеспечения эффективности администрирования налога на добавленную стоимость крупнейшему налогоплательщику необходимо указывать КПП, содержащийся в Уведомлении, также при заполнении счетов-фактур и в платежных документах на уплату НДС в федеральный бюджет.