Спор возник по поводу оспаривания письма ФНС России от 13 января 2006 г. N ММ-6-03/18@, разъясняющего вопросы правомерности возмещения НДС, уплаченного при приобретении услуг по транспортировке экспортируемого товара. Президиум ВАС РФ признал, что нижестоящая инстанция не вправе была рассматривать спор по существу, поскольку оспариваемый акт не является нормативно-правовым, указав следующее.
В действующей системе правового регулирования ФНС России не вправе принимать (издавать) нормативные правовые акты в сфере налогов и сборов. Более того, согласно п. 2 Правил подготовки нормативных правовых актов федеральных органов исполнительной власти и их государственной регистрации, утвержденных постановлением Правительства РФ от 13 августа 1997 г. N 1009, издание нормативных правовых актов в виде писем и телеграмм не допускается. Направляя указанное письмо территориальным налоговым органам, ФНС довела до их сведения свою позицию по вопросу правомерности возмещения НДС, уплаченного при приобретении услуг по транспортировке экспортируемого товара. Следовательно, содержащиеся в письме положения не могут рассматриваться в качестве положений, устанавливающих обязательные для налоговых органов правила поведения, подлежащие неоднократному применению при осуществлении ими функций налогового контроля. Соблюдения этих правил налоговые органы не вправе требовать и от налогоплательщиков (налоговых агентов). Таким образом, в силу ст. 4 НК РФ оспариваемое письмо не должно влечь правовые последствия, так как не отвечает критериям, позволяющим признать его в качестве нормативного правового акта. При таких обстоятельствах заявление о признании недействующими отдельных положений указанного письма не подлежало рассмотрению в ВАС РФ, к подсудности которого отнесено рассмотрение дел об оспаривании именно нормативных правовых актов федеральных органов исполнительной власти.