При выкупе акционерным обществом  акций,  принадлежащих акционерам,  рыночная цена собственных акций определяется по правилам пп.3 п. 12 ст. 280 НК РФ.
Акционеры  -  владельцы голосующих акций вправе требовать выкупа обществом всех или части принадлежащих им акций в случаях, перечисленных  п.  1 ст.  75 Федерального закона от 26.12.1995 № 208-ФЗ "Об акционерных обществах" (далее — Закон № 208-ФЗ) по цене, определенной советом директоров (наблюдательным советом) общества, но не ниже рыночной стоимости, которая должна быть определена независимым оценщиком без учета ее изменения в результате действий общества, повлекших возникновение права требования оценки и выкупа акций (п. 3 ст. 75 Закона № 208-ФЗ).
Особенности определения налоговой базы по налогу на прибыль по операциям с ценными бумагами установлены ст. 280 НК РФ и каких-либо особенностей порядка налогового учета доходов и расходов при выкупе обществом по требованию акционеров принадлежащих им акций не предусмотрено.
В связи с этим, для целей налогообложения прибыли рыночная цена выкупленных обществом в соответствии со  ст.  75  Закона №  208-ФЗ собственных акций будет определяться по правилам, установленным в пп. 3 п. 12 ст. 280 НК РФ.
При совершении сделки по выкупу обращающихся акций с лицами, признаваемыми взаимозависимыми с организацией, рыночная цена определяется также в соответствии со ст. 280 НК РФ на основании п.12 ст. 105.3 НК РФ.
При достижении определенных в ст. 105.14 НК РФ суммовых порогов такие сделки могут являться контролируемыми, и к ним будут применимы положения  статей 105.15  -  105.17  НК РФ  (то есть, в общем случае,  в отношении таких сделок необходимо подать уведомление, ФНС России может потребовать документацию и провести проверку).  Однако  в отношении  сделок с ценными бумагами и финансовыми инструментами срочных сделок, обращающимися на организованном рынке ценных бумаг,  есть исключение в части подготовки документации — в соответствии с пп. 3 п. 4 ст. 105.15 НК РФ к таким сделкам п. 1 и 2 ст.105.15 НК РФ не применяются (то есть документация не предоставляется).