Критерий добросовестности налогоплательщика был первоначально сформулирован Конституционным судом Российской Федерации (далее — КС РФ) применительно к проблеме уплаты налогов проблемными банками. Наиболее полное обоснование презумпции добросовестности налогоплательщика приведено в Определении КС РФ от 25 июля 2001 г. № 138 О. Как отметил КС РФ, по смыслу положения, содержащегося в пункте 7 статьи 3 Налогового кодекса Российской Федерации (далее — НК РФ), в сфере налоговых отношений действует презумпция добросовестности налогоплательщиков. На налоговые органы возложена обязанность опровержения добросовестности налогоплательщиков. Казаот 17 апреля 2002 г. № С5-5/уп-342 ВАС РФ указал, что законодательство, действовавшее до 1 января 2001 г., не связывало возникновение у налогоплательщика — экспортера права на возмещение сумм налога на добавленную стоимость с фактом перечисления соответствующей суммы налога на добавленную стоимость в бюджет поставщиком товаров и не обязывало налогоплательщика представлять доказательства в подтверждение этого факта. Не внесло никаких изменений в правовую регламентацию данного вопроса и новое законодательство — глава 21 НК РФ, введенная в действие с 1 января 2001 г. В связи с этим, отметил ВАС РФ, отказ в удовлетворении исковых требований налогоплательщиков — экспортеров о возмещении уплаченного налога на добавленную стоимость, предъявляемых с соблюдением порядка, определенного статьей 165 НК РФ, в настоящее время возможен лишь в случае установления в ходе судебного разбирательства факта недобросовестности конкретного лица. При этом в соответствии с правилами судопроизводства доказывание указанного факта является обязанностью ответчика (в данном случае налогового органа).

Таким образом, ВАС РФ санкционировал применение критерия добросовестности налогоплательщика к вопросам возмещения НДС при экспорте. Однако что считать недобросовестностью налогоплательщика? Должен ли быть доказан сговор экспортера, претендующего на возмещение НДС из бюджета и его поставщика, который не уплатил НДС в бюджет? А если не уплатил НДС в бюджет не поставщик экспортера, а поставщик поставщика, т.е. неуплата НДС произошла на звене субпоставщика или субсубпоставщика? Может ли в таком случае экспортер нести ответственность за таких лиц?

Следует отметить, что в Определении КС РФ от 16 октября 2003 г. № 329-О указано, что истолкование статьи 57 Конституции Российской Федерации в системной связи с другими положениями Конституции Российской Федерации не позволяет сделать вывод, что налогоплательщик несет ответственность за действия всех организаций, участвующих в многостадийном процессе уплаты и перечисления налогов в бюджет. По смыслу положения, содержащегося в пункте 7 статьи 3 НК РФ, в сфере налоговых отношений действует презумпция добросовестности. Правоприменительные органы, отметил КС РФ, не могут истолковывать понятие "добросовестные налогоплательщики" как возлагающее на налогоплательщиков дополнительные обязанности, не предусмотренные законодательством.