Письмо ФНС России от 26 мая 2015 г. № ГД-4-3/8827@

Передача имущества (основных средств) для пополнения чистых активов дочерней организации облагается НДС. Вычет НДС, выделенного в счет-фактуре, полученном при совершении передачи принимающей стороной не производится.
ФНС России считает, что передача имущества (основных средств) для пополнения чистых активов дочерней организации подлежит налогообложению НДС на основании общих норм ст. 146 и ст. 39 НК РФ.
Cогласно п. 2 ст. 171 НК РФ вычетам подлежат суммы НДС, предъявленные налогоплательщику при приобретении товаров на территории РФ для осуществления операций, признаваемых объектами налогообложения этим налогом. Поскольку при передаче имущества (основных средств) для пополнения чистых активов передающая сторона к оплате НДС дочерней организации не предъявляет, то вычет НДС принимающей стороной не производится.