Налоговый орган при проверке должен учитывать как доходы, так, и расходы налогоплательщика, уменьшающие размер его налога.
Поскольку при составлении расчета налоговой базы по налогу на прибыль подлежат учету не только выявленные налоговой проверкой доходы налогоплательщика, но и его расходы, в том числе — внереализационные расходы, то при определении налоговых обязанностей налогоплательщика по налогу на прибыль организаций налоговый орган с учетом п. 8 ст. 101 НК РФ и ст. 315 НК РФ должен учесть и установленные проверкой расходы налогоплательщика. Суд указал на неправомерное отражение в решении налогового органа необходимости уплаты налога на прибыль в размере 93 642 руб., при наличии права на уменьшение обязательств по налогу на прибыль на общую сумму 412 525 руб.