Письмо ФНС России от 17 июня 2015 № ГД-4-3/10451@

Суммы НДС, предъявленные налогоплательщику при осуществлении работ по восстановлению здания, принимаются к вычету независимо от того, что стоимость указанных работ компенсируется ему страховой организацией. При выбытии имущества по причине аварии НДС, ранее принятый к вычету, восстановлению не подлежит
Суммы НДС, предъявленные налогоплательщику при осуществлении работ по восстановлению здания, принимаются к вычету в порядке и на условиях, предусмотренных ст. 171 и 172 НК РФ, независимо от того, что стоимость указанных работ компенсируется налогоплательщику страховой организацией. Аналогичная позиция изложена в письмах Минфина России от 15.04.2010 № 03-07-08/115, от 29.07.2010 № 03-07-11/321.
При решении вопроса о восстановлении сумм НДС, ранее принятых налогоплательщиком к вычету, при выбытии имущества по причине аварии необходимо руководствоваться позицией ВАС РФ, изложенной в Решении от 23.10.2006 № 10652/06, согласно которой утрата имущества в результате чрезвычайной ситуации не относится к числу случаев, при которых суммы налога, ранее правомерно принятые налогоплательщиком к вычету, подлежат восстановлению.